El Ejército chileno entró marcial en Lima al son del Himno de Yungay el 17 de enero de 1881 y reestableció el orden perpetuado por las desbandadas fuerzas peruanas, que, sumidas en la anarquía, saqueaban la ciudad tras perder el combate.
En teoría, la Guerra del Pacífico estaba terminada, pero como no se constituyó un gobierno legal para negociar la paz, la ocupación de Lima se prolongó indefinidamente al mando de don Patricio Lynch.
En marzo de ese año, más de 6000 soldados junto con el General Manuel Baquedano regresaban a Chile, mientras que el Perú pasó de la derrota a la anarquía. Así mismo, Bolivia, siendo aliado de este, tras la Batalla de Tacna se mantenía encerrada en sus territorios luchando sus propios conflictos internos.
Distintos militares peruanos siguieron combatiendo al internarse en la sierra, sosteniendo una desgastante guerra de guerrillas en desiguales contiendas con los chilenos, donde los problemas logísticos y las enfermedades como el tifus fueron enemigos de los llamados batallones olvidados. En las gloriosas páginas de nuestra historia nacional se escribe sobre las gestas de La Concepción, Sangra, Huamachuco, donde el honor del tricolor fue defendido durante esta campaña en distintos poblados lejos de la Patria.